A stressz-ulcus profilaxisban rutinszerűen – ugyanakkor, indikáció nélkül – alkalmazott pantoprazol nem csökkenti a 90 napon belüli mortalitást. Tény, hogy a hatóanyag a nem kívánatos események gyakoriságát sem növeli.

A különféle protonpumpagátló hatóanyagok eltérő mértékben befolyásolják a klopidogrel trombocita-aggregációt gátló hatását. Az interakcióra tekintettel az omeprazol vagy az ezomeprazol helyett javasolt pantoprazolt választani.